Đứng đầu Phòng Kiểm tra Nội bộ là Trưởng phòng do Hiệu trưởng bổ nhiệm, giúp việc Trưởng phòng là các Phó Trưởng phòng do Trưởng phòng đề nghị Hiệu trưởng bổ nhiệm, công việc cụ thể của các Phó Trưởng phòng do Trưởng phòng phân công. Dưới các Phó Trưởng phòng là các Tổ chuyên môn bao gồm:

Tổ Kiểm tra chuyên môn;

Tổ Quản lý các cơ sở Tân Hưng;

Tổ Quản lý các cơ sở Xóm Chiếu;

Tổ Quản lý cơ sở An Phú Đông 1;

Tổ Quản lý cơ sở An Phú Đông 2;

Tổ Hành chính – Tổng hợp;

Tổ Kiểm soát giảng dạy Doanh nghiệp.

Các Tổ chuyên môn phải chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện công việc của mình theo sự phân công của ban lãnh đạo Phòng. Mỗi Tổ chuyên môn bao gồm có các nhân viên được phân công thực hiện các công việc và chịu sự phân công công việc từ lãnh đạo Phòng.